A Mario 64 és a Mario Galaxy kedvenc helyszínei elevenednek meg ebben a játékban ahol is Marionak újra meg kell kűzdenie Bowser-rel.
A pályák megoldása mellett a néha igen különleges helyeken található kristályok gyűjtögetése lesz a cél melyet Mario csak az extra duplaugrásával tud elérni néha.
